街を焼き尽くす程の大災害があった。
炎の中、全てを失った幼い衛宮士郎は
魔術師、衛宮切嗣に助けられ。
その後、養子となる。

あれから十年。
衛宮士郎は今は亡き養父、切嗣との約束。
　”正義の味方”に成る可く
日々魔術の鍛錬を続けていた。

そんなある日、ふとしたきっかけから
“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いに巻き込まれ、
サーヴァントの一人、セイバーと契約する。

聖杯戦争、それは、
手にした者の願いを叶えるという聖杯を、
七人の魔術師（マスター）が
与えられた、七騎士の使い魔（サーヴァント）と共に、
奇跡を手に入れるために殺し合う争奪戦。

そして衛宮士郎は、十年前の大災害が
聖杯戦争によるものだと知り、
あの惨劇を繰り返さない為に、戦いに身を投じる事をになる。