聖杯戦争、それは手にした者の願いを叶えるという“聖杯”を求め、7人の魔術師（ﾏｽﾀｰ）と契約した使い魔（ｻｰｳﾞｧﾝﾄ）と共に最後の一組になるまで戦う殺し合いの儀式。幼いころ大火災によって両親を失い孤なった衛宮士郎は魔術師を名乗る人物に育てられる。あれから十年、ふとしたきっかけからサーヴァントのセイバーと契約してしまった士郎は“聖杯戦争”に巻き込まれてゆく。
“聖杯戦争”に亡き父の遺志を受け継いで参加した魔術師・遠坂凛と、偶然巻き込まれた少年・衛宮士郎のふたりを軸に、魔術師同士の戦いを描く。

剣の騎士、セイバーのサーヴァント。
透き通る金色の髪と深緑の瞳を持つ美しい少女。
華奢で小柄な外見だが、最も優れたクラス、セイバーに相応しい勇猛で秀でた戦闘力を誇る。
主人の命令を尊重し、物わかりはいいが、余りに真面目な為、融通の利かない部分もある。

あれから十年。
衛宮士郎は今は亡き養父、切嗣との約束。
　”正義の味方”に成る可く
日々魔術の鍛錬を続けていた。

そんなある日、ふとしたきっかけから
“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いに巻き込まれ、
サーヴァントの一人、セイバーと契約する。

聖杯戦争、それは、
手にした者の願いを叶えるという聖杯を、
七人の魔術師（マスター）が
与えられた、七騎士の使い魔（サーヴァント）と共に、
奇跡を手に入れるために殺し合う争奪戦。

そして衛宮士郎は、十年前の大災害が
聖杯戦争によるものだと知り、
あの惨劇を繰り返さない為に、戦いに身を投じる事をになる。